El ori­gen de los Agus­ti­nos Re­co­le­tos en Co­lom­bia se re­mon­ta a fi­na­les del siglo XVI cuan­do el sa­cer­do­te Agus­tino Mateo Del­ga­do entró en con­tac­to con unos er­mi­ta­ños que ha­bían cons­trui­do una er­mi­ta a la Vir­gen de la Can­de­la­ria a ori­llas del río Ga­cha­ne­ca, donde ac­tual­men­te se encuentra el Con­ven­to de El De­sier­to de la Can­de­la­ria, en Rá­qui­ra, Bo­ya­cá; a estos er­mi­ta­ños les acon­se­jó que bus­ca­ran apoyo en los su­pe­rio­res de su Orden para trans­for­mar la er­mi­ta en un con­ven­to re­gu­lar e im­plan­tar el es­ti­lo pro­pio de las re­co­lec­cio­nes.

Los er­mi­ta­ños aco­gie­ron el con­se­jo y en mayo de 1604 ofre­cie­ron la er­mi­ta a la pro­vin­cia agus­ti­nia­na de Co­lom­bia con la con­di­ción de que co­lo­ca­ran en ella re­li­gio­sos re­co­le­tos; el 29 de junio de ese año el con­se­jo pro­vin­cial acep­tó la do­na­ción y en­co­men­dó al Pro­vin­cial, padre Vi­cen­te Ma­llol, la re­dac­ción de los es­ta­tu­tos que de­be­rían vivir los re­li­gio­sos.

El padre Vicente Mallol ejecutó el mandato del consejo con prontitud: el 12 de agosto de 1604 un delegado tomaba posesión de la ermita e imponía el hábito a los primeros recoletos colombianos: Mateo Delgado, Antonio Correa y Juan Rodríguez. En 1629 se unieron a los recoletos españoles y fortalecieron una experiencia reformada que lentamente fue marcando su huella en la historia.

Pronto los muros del primitivo convento resultaron estrechos para alojar a quienes deseaban abrazar el ideal agustino recoleto y por ello en el giro de pocos años de fueron fundados otros conventos en Cartagena, Panamá, Bogotá, Tunja, Cartago (Costa Rica), Honda, Lima (Perú) y Misque (Bolivia), entre otros.